O apóstolo Paulo escreveu a carta a Filemom. Logo no começo, ele se apresenta pelo nome e diz que está preso por causa de Cristo (Filemom 1:1). A carta também menciona Timóteo na saudação, mas é Paulo quem faz o pedido, fala da própria situação e se compromete pessoalmente a pagar qualquer dívida de Onésimo (Filemom 1:8-19). Por isso, Timóteo aparece como alguém associado a Paulo na saudação, não como o autor principal.
Paulo escreveu a Filemom por causa de Onésimo, um homem escravizado que estava separado dele e havia se tornado cristão por meio do contato com Paulo. Ao enviá-lo de volta, Paulo pediu que Filemom o recebesse não apenas como escravo, mas como um irmão amado em Cristo (Filemom 1:10-16). Se Onésimo tivesse causado algum prejuízo ou devesse alguma coisa, Paulo se ofereceu para assumir a dívida (Filemom 1:18-19). A carta não diz com certeza que Onésimo roubou Filemom.
Assim, sabemos quem escreveu Filemom porque a própria carta identifica Paulo, e o pedido inteiro é apresentado como um apelo pessoal dele. Timóteo é mencionado ao lado de Paulo no início, mas é Paulo quem conduz a conversa com Filemom.