Os Evangelhos não explicam, em cada episódio, como seus autores souberam dos detalhes. Mas estar sozinho na hora em que algo aconteceu não significa que Jesus nunca tenha contado aquilo a ninguém depois.
Pense na tentação no deserto. Jesus passou aquele período sem os discípulos (Mateus 4:1-11). A Bíblia não diz quem relatou o episódio aos autores dos Evangelhos. Jesus pode ter contado aos discípulos o que aconteceu; eles conviveram com ele por anos e continuaram a ouvi-lo depois da ressurreição (Atos 1:3). Essa é uma explicação possível, não um detalhe que o texto confirme.
Também é importante olhar cada cena de perto. Quando Jesus conversou com a mulher samaritana, os discípulos não estavam presentes durante boa parte da conversa, mas a mulher estava (João 4:7-27). Já no Getsêmani, Jesus se afastou pra orar, porém levou três discípulos consigo e lhes pediu que ficassem atentos. Eles adormeceram, então não podemos afirmar que ouviram toda a oração (Marcos 14:32-41). Esses episódios não apresentam exatamente a mesma dificuldade.
Os Evangelhos foram escritos depois dos acontecimentos. Lucas, por exemplo, diz que investigou cuidadosamente o que recebeu daqueles que tinham acompanhado os fatos desde o começo (Lucas 1:1-4). Assim, os autores podiam conhecer um episódio pelo relato de Jesus, de outras pessoas presentes ou pelo que foi transmitido entre os primeiros discípulos. Nem sempre é possível saber qual desses caminhos foi usado.
Para os cristãos, há ainda a inspiração das Escrituras pelo Espírito Santo (2 Timóteo 3:16). Jesus prometeu aos apóstolos que o Espírito os ajudaria a lembrar do que ele lhes tinha ensinado (João 14:26). Isso dá confiança no testemunho dos Evangelhos, mas não nos autoriza a afirmar que o Espírito revelou diretamente aos autores cada detalhe de uma cena sem testemunhas. A Bíblia não explica o processo dessa maneira.
Portanto, a resposta mais honesta é: não sabemos como cada relato chegou ao seu autor. Sabemos que os discípulos podiam aprender depois o que não presenciaram no momento, que houve investigação e transmissão de testemunhos, e que os cristãos reconhecem a ação do Espírito Santo na escrita das Escrituras.