Sim. A Bíblia não exige que uma igreja tenha registro legal, mas também não proíbe que ela se registre. Uma igreja pode fazer isso pra administrar seus bens, prestar contas e cumprir as leis do lugar onde atua. O importante é não confundir o registro com aquilo que faz dela uma igreja: pessoas reunidas em torno de Jesus Cristo, de sua Palavra e de sua missão.
Os cristãos são chamados a respeitar as autoridades e cumprir suas obrigações civis. Jesus ensinou que se deve dar a César o que é de César e a Deus o que é de Deus, ao responder uma pergunta sobre o pagamento de impostos (Mateus 22:15-21). Paulo também orientou os cristãos a respeitar as autoridades e pagar os tributos devidos (Romanos 13:1-7). Essas passagens não mandam igrejas se registrar, mas mostram que cumprir exigências legais não é, por si só, contrário à fé.
Na prática, o registro pode ajudar uma comunidade a manter um imóvel, abrir uma conta em seu nome, contratar serviços e deixar claro quem é responsável pelas decisões financeiras. O reconhecimento como organização sem fins lucrativos costuma indicar que a entidade não existe pra distribuir lucros entre seus membros; isso não significa que ela não possa receber contribuições ou pagar despesas. As regras e os possíveis benefícios, como isenções fiscais, variam conforme o país e o lugar. Também é bom não presumir que o registro proteja automaticamente cada membro ou líder de qualquer responsabilidade: isso depende da lei e do que aconteceu em cada caso.
Mas existe um limite importante. Respeitar o Estado não significa entregar a ele a direção espiritual da igreja. Sua fé e sua missão devem ser guiadas por Cristo e pelas Escrituras. Se uma autoridade exigir que os cristãos desobedeçam a Deus, vale o princípio afirmado pelos apóstolos em Atos 5:29: é preciso obedecer a Deus antes que às pessoas.
Às vezes, alguém cita a orientação de Paulo pra que os cristãos não se tornem escravos de pessoas como motivo pra rejeitar qualquer registro (1 Coríntios 7:23). Só que Paulo estava falando da condição em que os cristãos viviam, inclusive da escravidão, não de documentos de uma igreja. O versículo pode nos lembrar de não deixar interesses humanos dominarem a comunidade, mas não estabelece uma proibição de registro.
Portanto, a pergunta prática não é se uma igreja precisa de registro pra ser igreja — não precisa. A pergunta é se, nas circunstâncias em que ela vive, registrar-se ajuda a servir a Deus com responsabilidade, cumprir a lei e cuidar bem do que recebeu. Quando ajuda, essa é uma decisão bíblica e legítima.