As doze tribos receberam seus nomes dos doze filhos de Jacó, a quem Deus também deu o nome de Israel (Gênesis 32:28). Os filhos eram Rúben, Simeão, Levi, Judá, Dã, Naftali, Gade, Aser, Issacar, Zebulom, José e Benjamim (Gênesis 35:23-26).
A dúvida costuma aparecer quando a pessoa encontra uma lista diferente em outra parte da Bíblia. Isso acontece porque nem toda lista está contando as tribos do mesmo jeito.
Quando a terra de Canaã foi dividida entre os israelitas, Levi não recebeu uma região própria. Os levitas receberam cidades espalhadas entre as outras tribos e responsabilidades ligadas à adoração a Deus (Josué 13:14; 21:1-3). Já os descendentes de José aparecem por meio de seus dois filhos, Efraim e Manassés. Antes de morrer, Jacó os reconheceu como seus próprios filhos para fins de herança (Gênesis 48:5).
Por isso, ao falar das tribos que receberam porções de terra, a lista geralmente traz Efraim e Manassés no lugar de José e não conta Levi como uma tribo com território próprio. O total continua sendo doze. É uma mudança na forma de contar, não o surgimento de filhos que Jacó não teve.
Há ainda listas feitas com outros propósitos. Em Apocalipse 7:5-8, por exemplo, Levi aparece, José e Manassés são mencionados, e Dã não é citado. O texto não explica por que usa essa seleção. O importante, pra responder à pergunta, é distinguir os doze filhos de Israel da maneira como as tribos são apresentadas em cada contexto bíblico.