João está explicando por que muitas pessoas não creram em Jesus, mesmo depois de verem os sinais que ele fez. Ao dizer que Deus endureceu o coração delas, João não está dizendo que eram pessoas dispostas a crer, mas que Deus as impediu contra a vontade delas. Ele está descrevendo algo sério: elas rejeitaram o que Jesus lhes mostrou, e sua incapacidade de reconhecer quem ele era também fazia parte do juízo de Deus.
Pra entender isso, vale olhar o que acontece antes do versículo 40. Jesus chama as pessoas a crer nele enquanto ainda têm a oportunidade (João 12:35-36). Logo depois, João diz que, apesar de tantos sinais feitos diante delas, muitas não creram (João 12:37). A recusa delas é real; João não a trata como algo pelo qual não pudessem ser responsabilizadas.
Então João recorre ao profeta Isaías. No tempo de Isaías, o povo ouvia a mensagem de Deus, mas resistia a ela. Isaías 6:9-10 anuncia que sua pregação viria acompanhada de endurecimento: o povo continuaria ouvindo sem entender e vendo sem reconhecer. João vê algo semelhante acontecendo diante de Jesus. Aquele povo tinha diante de si as palavras e os sinais do Filho de Deus, mas muitos persistiam na incredulidade.
Por isso, o endurecimento em João 12:40 não é apenas uma maneira de dizer que as pessoas eram teimosas. O texto atribui essa cegueira e esse endurecimento a Deus. Ao mesmo tempo, João já deixou claro que elas rejeitavam Jesus. A Bíblia mantém as duas afirmações juntas: Deus age em juízo, e as pessoas são responsáveis por não crer. O texto não explica em todos os detalhes como essas duas coisas se relacionam, então não precisamos fingir que a dificuldade não existe.
Também é importante não entender o versículo como se dissesse que ninguém ali poderia crer. Pouco depois, João conta que até entre os líderes houve pessoas que creram em Jesus, embora tivessem medo de assumir isso publicamente (João 12:42-43). Sua explicação trata da incredulidade que predominava, não de uma proibição dirigida a cada pessoa, sem exceção.
Assim, João 12:40 é uma advertência, não uma desculpa pra rejeitar Jesus. Os sinais estavam diante daquelas pessoas, e o convite de Jesus pra crer era sincero. O perigo era continuar recusando aquilo que Deus lhes mostrava e acabar cada vez menos disposto a reconhecer a verdade.