Dizemos isso por costume, como um jeito gentil de desejar o bem a alguém. Não é uma prática ensinada pela Bíblia, e ninguém precisa dizer essas palavras quando ouve um espirro. Ainda assim, desejar que Deus abençoe outra pessoa é algo bom.
É difícil apontar uma origem única pra esse costume. Ao longo do tempo, surgiram crenças de que o espirro deixava a pessoa em perigo ou indicava que ela poderia estar ficando doente. Também existe uma tradição que liga o hábito a uma epidemia na época do papa Gregório I, no século VI. Mas essa história não basta pra afirmar que foi ali que tudo começou.
A distinção importante é esta: a bênção é bíblica; a ligação dela com o espirro, não. Em Números 6:24, por exemplo, encontramos uma bênção pedindo que Deus cuide de uma pessoa. Mas a Bíblia não diz que um espirro atrai espíritos, que exige proteção especial ou que certas palavras tenham poder automático pra evitar uma doença.
Então, se alguém espirra e você diz “Deus te abençoe”, pode fazer isso com sinceridade, como um gesto de cuidado. Só não é preciso tratar a frase como uma obrigação religiosa ou como uma proteção mágica. E, se você não disser nada, também não estará desobedecendo a nenhum mandamento bíblico.