Não. Grifar um versículo ou escrever uma anotação na margem da Bíblia não é pecado. Se isso ajuda você a prestar atenção no que está lendo, lembrar de uma explicação ou encontrar uma passagem depois, pode ser uma boa maneira de estudar.
A dúvida costuma vir de um cuidado sincero: a Bíblia é a Palavra de Deus, então seria desrespeitoso escrever nela? É importante distinguir duas coisas. O texto bíblico merece todo o nosso respeito, mas o exemplar que seguramos pode ser usado como instrumento de estudo. Grifar uma frase não muda o que Deus disse. E uma observação escrita na margem continua sendo uma observação sua, não parte das Escrituras.
Talvez você pense no aviso de Apocalipse 22:18-19 contra acrescentar ou tirar palavras da profecia daquele livro. O aviso é sério. Mas fazer uma nota pessoal ao lado da passagem não é o mesmo que alterar a mensagem bíblica ou apresentar suas próprias palavras como se fossem palavras de Deus. O cuidado necessário é justamente manter essa diferença clara. Uma anotação pode até estar errada; por isso, vale conferir o que escrevemos à luz do próprio texto, em vez de tratar nossa explicação como se tivesse a mesma autoridade da Bíblia.
Também não existe uma ordem bíblica pra que todos estudem do mesmo jeito. Uma pessoa aprende melhor fazendo anotações; outra prefere deixar as páginas sem marcas. As duas podem estar tratando a Bíblia com respeito. O que importa é ler com atenção e procurar entender e praticar o que ela ensina. Tiago 1:22 nos lembra que não basta ouvir a Palavra: é preciso colocá-la em prática. E 2 Timóteo 2:15 destaca a importância de lidar corretamente com ela.
Então, se grifar ou escrever ajuda você a estudar, pode fazer isso com tranquilidade. Só não confunda suas notas com o texto bíblico. O respeito à Palavra de Deus aparece menos no estado das páginas e mais na disposição de entender o que ela diz e obedecer.