A Bíblia não conta como Timóteo morreu. Existe uma tradição antiga segundo a qual ele foi morto em Éfeso por causa da sua fé, mas não temos como confirmar os detalhes dessa história.
Timóteo foi companheiro de Paulo no trabalho de anunciar o evangelho. Em uma de suas cartas, Paulo pediu que ele permanecesse em Éfeso para lidar com pessoas que estavam ensinando coisas contrárias à fé cristã (1 Timóteo 1:3). Isso mostra que Timóteo serviu naquela cidade, mas não prova que tenha ficado ali até morrer.
O relato tradicional diz que Timóteo tentou impedir uma celebração pagã em Éfeso e foi espancado pelos participantes. As versões dessa história, porém, divergem até sobre quando o episódio teria acontecido. Por isso, não dá pra apresentar o espancamento, a data ou as circunstâncias da sua morte como fatos comprovados.
Então, a resposta mais honesta é: Timóteo pode ter morrido como mártir em Éfeso, mas não sabemos ao certo como ele morreu. O que o Novo Testamento nos permite afirmar é que ele foi um colaborador de Paulo e recebeu dele a responsabilidade de cuidar do ensino da igreja (1 Timóteo 1:3; 2 Timóteo 2:2).