A Bíblia não conta como Jeremias morreu. A última informação que ela nos dá sobre ele é que foi levado contra a vontade para o Egito por um grupo de judeus que fugia de Judá (Jeremias 43:5-7). Já no Egito, Jeremias continuou transmitindo as mensagens de Deus ao povo (Jeremias 44). Depois disso, o relato bíblico não diz o que aconteceu com ele.
Sabemos que Jeremias enfrentou várias ameaças de morte. Em Jerusalém, foi preso, espancado e jogado numa cisterna, de onde precisou ser resgatado (Jeremias 37:11-16; 38:6-13). Isso mostra o quanto suas mensagens provocavam oposição, mas nenhum desses episódios conta como sua vida terminou.
Existe uma antiga tradição segundo a qual Jeremias foi apedrejado por judeus no Egito. É possível que tenha acontecido, mas essa informação vem de relatos posteriores, não da Bíblia. Às vezes, Hebreus 11:37 é citado porque fala de pessoas fiéis que morreram apedrejadas. O versículo, porém, não dá nomes; por isso, não podemos afirmar que esteja falando de Jeremias.
Então, a resposta mais segura é esta: Jeremias foi visto pela última vez no relato bíblico no Egito, mas não sabemos ao certo onde nem como morreu. O apedrejamento é uma tradição, não um fato confirmado pelas Escrituras.