Os tradutores não encontram todos os pontos, vírgulas e pontos de interrogação prontos nos manuscritos bíblicos mais antigos. Eles precisam entender o que o texto diz em hebraico, aramaico ou grego e, então, escrever essa mensagem de um jeito claro em português. Na maior parte das vezes, a gramática e o sentido da passagem mostram onde a pontuação deve entrar.
Pense numa pergunta feita por Jesus em Mateus 9:4. O texto conta que ele conhecia os pensamentos de algumas pessoas e perguntou por que elas pensavam coisas más em seu coração. Em português, os tradutores usam pontuação pra separar o que o narrador conta daquilo que Jesus diz. Também colocam um ponto de interrogação no fim da pergunta. Esses sinais não inventam a pergunta; ajudam o leitor a perceber uma pergunta que já está no texto.
Isso é necessário porque os manuscritos antigos não seguiam as mesmas regras de escrita que usamos hoje. Muitos manuscritos gregos antigos, por exemplo, foram escritos com as letras bem próximas umas das outras, sem a separação entre palavras e frases a que estamos acostumados. Com o tempo, os copistas passaram a usar recursos que ajudavam na leitura. Ainda assim, os tradutores não podem simplesmente copiar a pontuação de uma edição moderna do texto grego e encerrar o trabalho: precisam considerar as palavras, a construção das frases e o contexto.
Às vezes, a decisão é bem simples. Se Paulo faz uma pergunta em Gálatas 3:1, a tradução em português termina essa pergunta com um ponto de interrogação. Outras vezes, os tradutores precisam decidir onde dividir uma frase muito longa. Efésios 1:3-14 forma um período extenso em grego; em português, muitas traduções o apresentam em frases menores, pra que o leitor consiga acompanhar o pensamento de Paulo.
Há também casos em que a pontuação pode afetar a maneira de entender uma passagem. Nesses casos, não basta aplicar uma regra de vírgula. É preciso examinar o contexto e avaliar qual leitura explica melhor as palavras do texto. Por isso, duas traduções podem pontuar um trecho de maneiras diferentes sem que uma delas esteja, necessariamente, ignorando a Bíblia.
Então, a resposta é: os tradutores escolhem a pontuação com base na gramática, no contexto e na clareza do português. A pontuação faz parte do trabalho de tradução. Ela não substitui as palavras das Escrituras, mas ajuda a comunicar ao leitor de hoje o sentido que essas palavras transmitem.