As duas expressões aparecem na Bíblia, mas não são ordens contrárias. Jesus mandou fazer discípulos e batizá-los em nome do Pai, do Filho e do Espírito Santo (Mateus 28:19). Quando Pedro disse que as pessoas deveriam ser batizadas em nome de Jesus Cristo (Atos 2:38), ele estava deixando claro quem elas precisavam reconhecer: Jesus, aquele que haviam crucificado, é o Cristo e Senhor.
O contexto ajuda a entender. No dia de Pentecostes, Pedro anunciou a uma multidão em Jerusalém que Deus havia ressuscitado Jesus. As pessoas ficaram profundamente preocupadas e perguntaram o que deveriam fazer. Pedro respondeu que deviam se arrepender e ser batizadas em nome de Jesus Cristo. Elas não podiam continuar rejeitando Jesus e, ao mesmo tempo, dizer que estavam seguindo a Deus. Precisavam confiar nele e se identificar publicamente como seus seguidores (Atos 2:22-38).
Outras passagens também dizem que pessoas foram batizadas em nome de Jesus (Atos 8:16; 10:48; 19:5). Isso mostra a importância de Jesus no batismo cristão: não se trata apenas de entrar na água, mas de assumir publicamente a fé nele. Essas passagens, porém, não registram necessariamente todas as palavras que foram ditas durante cada batismo.
Já em Mateus 28:19, Jesus dá uma instrução direta sobre como batizar: em nome do Pai, do Filho e do Espírito Santo. Por isso, é apropriado usar essas palavras no batismo. Fazer isso não diminui Jesus; foi o próprio Jesus quem deu essa ordem. Da mesma forma, dizer que alguém foi batizado “em nome de Jesus” não significa, por si só, que o Pai e o Espírito Santo foram deixados de lado.
Então, se a dúvida é quais palavras usar ao realizar um batismo, a orientação mais direta é a de Jesus em Mateus 28:19. Se a dúvida é o que significa ser batizado em nome de Jesus, Atos mostra que a pessoa está se identificando com ele como Senhor e Salvador. O ponto principal não é escolher entre Jesus e o Pai, o Filho e o Espírito Santo. É obedecer a Jesus e entender o que o batismo declara: a pessoa se arrependeu, crê nele e agora o segue.