Não sabemos ao certo. A Bíblia conta que a Arca ainda existia no tempo do rei Josias, mas não diz o que aconteceu com ela depois. Ela pode ter sido escondida antes da destruição de Jerusalém, levada pelos babilônios ou destruída. Nenhuma dessas possibilidades foi comprovada.
A Arca era um objeto sagrado feito por ordem de Deus nos dias de Moisés. Ela ficava no lugar mais reservado do tabernáculo e, mais tarde, do templo em Jerusalém (Êxodo 25:10-22; 1 Reis 8:6). Por isso, seu desaparecimento desperta tanta curiosidade.
A última menção bíblica à Arca num relato sobre acontecimentos de Judá aparece no reinado de Josias. Ao organizar a celebração da Páscoa, ele disse aos levitas que colocassem a Arca no templo (2 Crônicas 35:3). O texto não explica por que ela estava fora do seu lugar, mas mostra que, naquela época, os levitas ainda podiam lidar com ela.
Algumas décadas depois, os babilônios conquistaram Jerusalém, saquearam o templo e o incendiaram (2 Reis 25:8-17). Os relatos mencionam vários objetos levados, mas não dizem o que aconteceu com a Arca. Esse silêncio é o motivo de não podermos escolher uma das possibilidades como fato.
Há um relato antigo, em 2 Macabeus 2:4-8, segundo o qual o profeta Jeremias escondeu a Arca numa caverna. É uma tradição conhecida, mas não há como confirmar que isso aconteceu. Além disso, 2 Macabeus não faz parte do cânon bíblico aceito pelas igrejas evangélicas. Também existem afirmações de que a Arca estaria escondida em Jerusalém ou guardada na Etiópia, mas nenhuma delas apresentou uma identificação comprovada da Arca.
E a Arca que aparece no céu em Apocalipse 11:19? João a vê numa visão. O texto não diz que a Arca construída nos dias de Moisés foi transportada da terra pro céu. Portanto, essa passagem não resolve a pergunta sobre o destino do objeto que ficava no templo.
Assim, a resposta mais honesta é simples: a Arca desaparece dos relatos históricos da Bíblia, e seu destino permanece desconhecido. A Bíblia não nos pede que a encontremos. Ela chama nossa atenção pra algo maior: Deus continuou agindo mesmo depois da perda do templo e dos objetos que havia nele.