A Bíblia não conta a cena da morte de Pedro. O que ela diz é que Jesus anunciou que Pedro morreria de uma maneira que não escolheria e que, com essa morte, glorificaria a Deus (João 21:18-19). Já a informação de que Pedro foi crucificado vem de relatos antigos da igreja.
Depois de ressuscitar, Jesus disse a Pedro que, quando fosse mais velho, estenderia as mãos e seria levado por outros aonde não queria ir. João explica que Jesus estava falando da morte de Pedro. Muitos cristãos entendem a referência às mãos estendidas como uma indicação de crucificação. É uma leitura possível, mas o texto bíblico não diz expressamente que Pedro morreria numa cruz.
Segundo a tradição cristã antiga, Pedro foi morto em Roma por causa de sua fé em Jesus. Essa tradição também conta que ele foi crucificado de cabeça pra baixo. São relatos importantes sobre sua morte, mas esse detalhe não aparece na Bíblia. Também não dá pra afirmar com certeza que Pedro pediu isso porque havia negado Jesus. A negação aconteceu, e Pedro se arrependeu (Lucas 22:54-62; João 21:15-17), mas a Bíblia não liga esse episódio à maneira como ele morreu.
Então, a resposta mais cuidadosa é esta: Pedro provavelmente morreu crucificado em Roma, possivelmente de cabeça pra baixo, conforme a tradição antiga. A Bíblia confirma a previsão de Jesus sobre sua morte, mas não registra os detalhes da execução.