A diferença é que a morte de Jesus foi levada a Pilatos como um pedido de execução, enquanto o apedrejamento de Estêvão aconteceu em meio a uma reação violenta. Atos não diz que os judeus receberam permissão de Roma para matar Estêvão.
No caso de Jesus, os líderes religiosos o prenderam, mas queriam que o governador romano autorizasse sua morte. Quando Pilatos mandou que eles mesmos o julgassem segundo a lei judaica, responderam que não lhes era permitido executar ninguém (João 18:31). Diante de Pilatos, também apresentaram Jesus como alguém que se dizia rei — uma acusação que podia interessar ao governo romano (Lucas 23:2). Foi Pilatos quem ordenou a crucificação.
Com Estêvão, a cena é outra. Ele estava falando diante do conselho judaico. Ao ouvirem suas palavras, seus acusadores ficaram furiosos, gritaram, o arrastaram pra fora da cidade e o apedrejaram (Atos 7:54-58). Lucas, que narra o acontecimento, não descreve uma decisão de Pilatos nem uma autorização romana. Também não apresenta o apedrejamento como o resultado regular de uma sentença aprovada por Roma.
Isso ajuda a entender a aparente contradição: não ter autoridade legal pra executar alguém não impede que pessoas enfurecidas o matem. O que aconteceu com Estêvão não prova que os líderes judeus tinham o direito de aplicar a pena de morte. Prova que ele foi morto sem que a narrativa registre qualquer participação de Pilatos.
Também não sabemos, pelo relato bíblico, se as autoridades romanas investigaram o caso ou por que não intervieram. Já no caso de Jesus, os líderes procuraram deliberadamente uma execução ordenada pelo governador. João acrescenta que isso levou à forma de morte que Jesus havia anunciado — a crucificação, e não o apedrejamento (João 18:32; 12:32-33).
Portanto, a resposta mais segura é esta: Jesus foi entregue a Pilatos pra ser executado pela autoridade romana; Estêvão foi apedrejado numa reação violenta, sem que a Bíblia diga que aquilo tinha permissão legal.