Natanael fez essa pergunta porque Filipe acabara de lhe dar uma notícia enorme: tinha encontrado aquele sobre quem Moisés e os profetas escreveram. Era Jesus, conhecido como filho de José, de Nazaré (João 1:45). Pra Natanael, isso não parecia combinar. Como o tão esperado Messias poderia vir de uma cidade como Nazaré?
A Bíblia não explica exatamente o que Natanael pensava sobre a cidade. Sua pergunta, porém, mostra que a origem de Jesus lhe causou desconfiança. Nazaré não era uma cidade de destaque. Além disso, as Escrituras ligavam o futuro rei prometido à família de Davi e a Belém, cidade de Davi (Miqueias 5:2). Mais tarde, outras pessoas também tiveram dificuldade com a ideia de um Messias vindo da Galileia e perguntaram se ele não deveria vir de Belém (João 7:41-42).
O que Natanael ainda não sabia era que não havia contradição. Jesus nasceu em Belém, como Mateus 2:1 e Lucas 2:4-7 relatam, mas cresceu em Nazaré (Mateus 2:23; Lucas 2:39-40). Por isso, era natural que Filipe o identificasse como alguém de Nazaré.
Filipe não tentou resolver a dúvida com uma discussão. Convidou Natanael a conhecer Jesus (João 1:46). E o encontro mudou a resposta de Natanael: depois de conversar com ele, reconheceu Jesus como Filho de Deus e Rei de Israel (João 1:47-49). O relato não diz que Natanael entendeu naquele momento todos os detalhes da origem de Jesus. Mostra algo mais simples: sua primeira impressão sobre Nazaré não bastava pra julgar quem Jesus era.